二、重大案件在一審檢察署應協同辦案，由主任檢察官共同具名帶領團隊辦案；特殊重大矚目案件則均為團隊協同辦案，一審應以偵訴合一（己案己蒞）為原則，俟辦案人力充實後，再逐步推廣至其他案件。

二、組織層面（一）增加整體環境保護之稽查、偵辦人力（包括行政稽查人員、警力、檢察官人力等），建立鼓勵主動、深入、長期偵辦環境犯罪的合理工作環境，並配合編制足夠經費，並提高警察偵辦環境犯罪案件之積分。

二、組織層面（二）加強環保署與司法機關的聯結，建立常設性行政機關與司法機關通報窗口及聯繫機制，並建立環境專家資料庫及即時諮詢窗口。

三、民眾參與層面（一）為鼓勵汙染業者的內部監督機制，將吹哨者條款及其保護措施全面納入環境法規，包含對於吹哨者可能涉及的妨害秘密罪及背信罪責予以減免及不予追究的刑事實體與程序規定。

一、環境法制層面（六）有關舉證責任：2.行政罰部分，於行政罰法及環境法規增訂行政機關估算不法利得之法源條文，減輕行政機關於環境不法利得範圍之證明義務。

一、環境法制層面（三）建立環境案件之連帶賠償責任，以確保賠償責任確實被相關汙染製造者或環境破壞者所共同承接，並加長求償之時效，以符環境案件之特性。

另在刑事法制內，對於污染者造成環境損害導致為回復環境所需之賠償費用及相關程序花費，亦設置類似不法利得沒收之適當追討機制，以及相關的保全扣押機制。

一、環境法制層面（四）將環境刑法之沒收標的擴大至非本案之其他違法行為所得（洗錢防制法第18條第2項參照），以作為消滅環境犯罪經濟誘因之重要手段。

一、環境法制層面（七）訂立法源，將環境犯罪不法利得沒收、沒入或罰鍰之所得，專款專用作為支應下列事項之環境基金：（1）環境案件行政稽查與刑事偵查、審判所需之勘查、採樣、鑑定費用，並簡化動支程序；（2）當地居民或公益團體之環境訴訟相關扶助費用；（3）環境案件吹哨者條款獎金、保護吹哨者之相關訴訟扶助費用、其他保護費用；（4）一般民眾檢舉獎金、保護檢舉民眾之相關訴訟扶助費用、其他保護費用。

一、環境法制層面（六）有關舉證責任：3.民法部分，明文規定公害糾紛侵權行為於民事責任之舉證反轉。